Quando uma população abita um novo ambiante, pode vir a ocorrer um tipo especifico de deriva genética, denominado o efeito do fundador. Isso ocorre somente se os indivíduos não construir uma amostra representativa do conjunto gênico da população original. Assim reproduzindo uma população com frequência genética diferente da original.
Esse conceito foi proposto em 1942 pelo evolucionista alemão Ernst Mayr, em 1952, ele utilizou o efeito do fundador para explicar um fenômeno comum aos arquipélagos próximos ao continente. Já Charles Darwin havia chegado na conclusão das ilhas Galápagos, em relação aos fenótipos dos tentilhões, tão diferentes das populações continentais e característicos de cada ilha.
O efeito do fundador pode ser observado também na distribuição especial de doenças e de outras condições humanas. Aproximadamente 30% carregam em seu genótipo um alelo que, na forma homozigotia, causa nanismo e polidactilia. Por só se tratar de um gene autossômico recessivo, os casamento consanguíneos, comuns nesse tipo de sociedade, aumentam as chances de ocorrerem nascimento de pessoas com essas anomalias.
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