Bioquímica comparada

A bioquímica comparada mostra que o grau de semelhança entre indivíduos da mesma espécia está relacionado com o grau de parentesco.
A análise bioquímica de proteínas e ácidos nucleicos também tem sido amplamente utilizada para estimar o grau de parentesco entre espécies diferentes e tem confirmado o resultado de estudos de outras áreas da biologia.

Um dos métodos, moleculares que ajudam a estimar quando ocorreram divergências evolutivas é o do relógio molecular (técnica de evolução molecular para relacionar o tempo de divergência entre duas espécies com o número de diferenças moleculares, medidas entre as sequências de DNA ou Proteínas).