Na maioria das vezes, os cordados são diócos, ou seja, possuem sexos separados.
Nos urocordatos a reprodução é hermafrodita, com fecundação externa. Já os cefalocordatos os sexos são separados e as gônadas lançam os gametas na cavidade atrial, sendo depois eliminados pelo poro atrial; a fecundação acontece em meio aquático e o desenvolvimento é direto.
Quanto aos vertebrados a reprodução difere com a classe em questão:
- Agnatha: possuem fecundação externa e desenvolvimento indireto;
- Chondrichthyes: a fecundação geralmente é interna e as nadadeiras do macho são modificadas, dando origem a órgãos copuladores; a maioria das espécies são ovíparas ou ovovivíparas, o desenvolvimento é indireto sem gerar larvas;
- Osteichthyes: a fecundação e o desenvolvimento do embrião são externos;
- Amphibia: a fecundação é externa e ocorre em meio aquático; são ovíparos e dotados de cloaca;
- Reptilia: a maioria das espécies são ovíparas, mas existem também as ovovivíparas, ou seja, os embriões desenvolvem-se dentro de ovos e no interior do corpo da fêmea, sendo que os ovos são chocados após saírem do corpo da mãe;
- Aves: possuem cloaca e todas as espécies são ovíparas, com ovo sujeito à incubação;
- Mammalia: os animais dessa classe são obrigatoriamente vivíparos, com exceção dos monotremados. Possuem um útero, que é o órgão da fêmea que abriga o feto durante a gestação, sendo que a conexão entre a cria e o organismo materno é feito por meio da placenta, presidindo as trocas respiratórias e metabólicas entre mãe e filho.
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